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NGS接头:DNA 与测序仪的连接桥梁

发表时间:2024-01-23 16:45
01

什么是NGS接头?

接头是一段短的碱基序列,作为桥梁连接待测 DNA 片段与 Flow-cell。以 Illumina 测序平台为例,包括三个部分:与 Flow-cell 上寡核苷酸链相同或互补的片段 P5/P7;测序引物结合部分 Read1/2;用于区分不同样本的 Index。

图1. 文库的一般结构

*Index 是混样中不同样本的“身份证”,一般长 6nt 、8nt、或 10nt,四种碱基的不同排列组合可以形成不同的 Index标识。





02

NGS接头的分类

1.


根据不同测序平

 

可分为Illumina接头MGI接头

2.


根据Index 位置


可分为单端 Index 接头和双端 Index 接头。单端 Index 接头仅在一端存在 Index(一般在 P7 端);而双端 Index 接头在 P5 和 P7 端均存在 Index。随着测序仪的数据量不断增加,双端 Index 比单端 Index 能容纳更多数目的样本,因此双端 Index 接头被更广泛使用。

图2. 单端Index示意图

图3. 双端Index示意图

3.


根据接头是否匹配PCR free建库

 

可以将接头分为全长接头截短型接头



特点及应用场景
全长接头

1、包含测序时所需要的全部序列连接产物,在文库产量足够的情况下,可不进行PCR反应而直接上机测序。

2、可用于构建PCR-free的文库,PCR-free文库可以降低PCR扩增偏好性、错误率以及序列重复

截短型接头

1、TA连接的方式连接到待测DNA片段两端后,必须使用与短接头互补的Indexing Primers进行PCR扩增成为完整接头后,才能上机测序。

2、连接效率,建库产量高于全长接头。

3、接头二聚体片段较小,可以通过磁珠纯化进行有效的去除。





华睿康接头产品




Illumina平台



HRK Adapter & UDI Primer

(for Illumina )


1
产品介绍

HRK Adapter & UDI Primer (for Illumina)是适用于Illumina平台高通量测序的板装双端唯一标签(UDI) 接头试剂,提供Index号为1-96、 97-192、193-288、289-384 四种组合的 UDI序列,能够满足高通量测序平台单条lane超高数据产量的混样需求。还可提供不同规格适配于Illumina平台及MGI平台总计各384种UDI 接头试剂及384种增加了分子标签技术(UMI)的UMI-UDI接头试剂。

2
文库结构

Illumina 平台UDI测序文库包含通用序列、i7 Index序列、i5 Index序列和插入片段。

3
产品信息


HRK Adapter &UMI Primer

(for Illumina)


1
产品介绍

HRK Adapter & UMI Primer (for Illumina)是适用于Illumina平台高通量测序的板装双端唯一标签(UDI) 接头试剂, 提供Index号为 1-96、 97-192、193-288、289-384 四种组合的 UDI序列,能够满足高通量测序平台单条lane超高数据产量的混样需求。还可提供不同规格适配于Illumina平台及MGI平台总计各384种UDI 接头试剂及384种增加了分子标签技术(UMI)的UMI-UDI接头试剂。

2
文库结构

Illumina 平台UMI测序文库包含通用序列、i7 Index序列、i5 Index序列、UMI 序列插入片段。

3
产品信息


   MGI平台

HRK Adapter & UDI Primer

(for MGI )


1
产品介绍

HRK Adapter & UDI Primer (for MGI)是适用于MGI平台高通量测序的板装双端唯一标签(UDI) 接头试剂, 提供Index号为 1-96、 97-192、193-288、289-384 四种组合的UDI序列,能够满足高通量测序平台单条lane超高数据产量的混样需求。还可提供不同规格适配于MGI平台及Illumina平台总计各384种UDI 接头试剂及384种增加了分子标签技术(UMI)的UMI-UDI接头试剂。

2
文库结构

MGI 平台UDI测序文库包含通用序列、Index1 序列、Index2 序列和插入片段。

3
产品信息


HRK Adapter & UMI Primer

(for MGI )


1
产品介绍

HRK Adapter & UMI Primer (for MGI)是适用于MGI平台高通量测序的板装双端唯一标签(UDI) 接头试剂, 提供Index号为 1-96、 97-192、193-288、289-384 四种组合的 UDI序列,能够满足高通量测序平台单条lane超高数据产量的混样需求。还可提供不同规格适配于MGI平台及Illumina平台总计各384种UDI 接头试剂及384种增加了分子标签技术(UMI)的UMI-UDI接头试剂。

2
文库结构

MGI 平台UMI测序文库包含通用序列、 Index1序列、 Index2序列、UMI 序列和插入片段。

3
产品信息



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